El Instituto de Investigaciones en Ciencias Económicas es uno de los centros investigativos más antiguos de la Universidad de Costa Rica. Se constituye mediante acuerdo de la Facultad de Ciencias Económicas y Sociales de 9 de agosto de 1955, que fue informado al Consejo Universitario en la sesión de 12 de agosto de ese mismo año, bajo el nombre de Departamento de Investigaciones e incluyendo entre las disciplinas de estudio la economía, la sociología y la administración pública y privada. El Consejo Universitario aprobó la creación del Departamento en la sesión N° 765 de 22 de agosto de 1955.

Simultáneamente, dicha Facultad acordó que el Departamento iniciará un Proyecto de Desarrollo Económico de Costa Rica, bajo la dirección del Profesor Raúl Hess Estrada. Este estudio, que se realizó entre 1956 y 1967, constituyó la base para el establecimiento de la Oficina de Planificación Nacional de Costa Rica, en enero de 1963. El 3 de marzo de 1961 se le cambió el nombre al Departamento, adoptándose el de Instituto de Investigaciones Económicas, en parte para facilitar el financiamiento de proyectos y también para que tuviera un rango similar al del Instituto de Estadística, que se había constituido al mismo tiempo que el Departamento.  En ese momento coexistían tres entes de investigación en la misma Facultad, agregándose a los dos anteriores el Departamento de Investigaciones Sociales y Económicas, creado ese mismo año de 1961, bajo la dirección de Óscar Chávez.

En 1970 se fusionaron el Instituto de Investigaciones Económicas y el de Estadística, asumiendo el primero las funciones ambos y se le cambia el nombre a Instituto de Investigaciones en Ciencias Económicas, que mantiene hasta la fecha. Es el instituto de investigaciones de la Facultad de Ciencias Económicas, e incluye las disciplinas de economía, administración pública, negocios y estadística.

En el convencimiento de que parte de la misión de la Universidad de Costa Rica es movilizar y poner al servicio público todos aquellos recursos y facilidades que pueden ser útiles a la comunidad para la resolución de sus problemas; pero con  el claro entendimiento, a la vez, de que los deberes de la Universidad no deben confundirse con funciones y responsabilidades que por suponer un proceso permanente corresponden al Gobierno u otras agencias, la Facultad de Ciencias Económicas y Sociales de la Universidad de Costa Rica acuerda establecer, con la cooperación de la Administración de Cooperación Internacional de los Estados Unidos (ICA) un Departamento de Investigaciones.